Przemysł farmaceutyczny wykorzystuje dimetoksybenzaldehyd. Jest on potencjalnym prekursorem wielu związków bioaktywnych. Na przykład może być używany do przygotowywania leków przeciwwypalnych, antyoksydacyjnych lub przeciwbakteryjnych. Jego struktura chemiczna umożliwia wiele złożonych dróg reakcji, które prowadzą do skomplikowanych ramach strukturowych. Poprzez kondensację, podstawianie i wiele innych reakcji wspomaga tworzenie nowych związków farmaceutycznych, co wymaga niezmiennego standardu czystości i jakości w kontekście wiarygodnej produkcji leków.